İslam ülkelerinin tamamında merkezi otoritenin bozulduğu, siyasi birliğin zayıfladığı yıllarda Fatımi devleti Mısır'ı kontrol altına aldı. Ardından Hicaz, Irak ve Şam bölgesi de bunların kontrolüne geçti. Aynı yıllarda gittikçe zayıflayan Abbasi devleti dağılıp bölündü ve birçok devletçikler haline geldi.

Şia’ya müntesip mezhebi İsmail Şah Kudüs’e hâkim oldu. Burada bir hastane ve Fatımiler için bir yayın evi kuruldu. Mescid-i Aksa’da 1016 ve 1033 yıllarındaki depremler sonucu oluşan hasar için restorasyon çalışması yapıldı. Özellikle Kubbetüs Sahradaki yenileme faaliyetleri dikkat çekici oldu. Fatımi sultanlarından Hâkim Bi-Emrullah’ın talimatıyla 1009 yılında Kıyamet Kilisenin bir kısmını yıktırılması nedeniyle Hristiyanlar ile Müslümanlar arasında düşmanlıklar başladı. Yıkılan kısmın tamiratı ile sükûn kısmen tesis edilebildi. Bu dönemde şehrin surlarında da restorasyon çalışmaları yapılmıştır.