Haçlıların (Frenklerin) Kudüs’ü işgal altında tuttuğu 88 yıllık dönem, 636 yılında (hicri 16) gerçekleşen Müslümanların Kudüs’ü fethi sonrasındaki güzel günlerin ardından, genel olarak Beytülmakdis’in, özellikle de mübarek Mescid-i Aksa’nın yaşadığı en kasvetli ve kötü günleridir.

Bu dönemde Kudüs şehri 1099 ile 1187 yılları arasında 88 yıl haçlı işgali altında kalmış, Müslümanların Mescid-i Aksa’da namaz kılması engellenmiş ve Mescid-i Aksa, Avrupa’dan gelen işgalci haçlı güçlerinin karargahına çevrilmiştir.

Haçlı orduları Avrupa’dan din adamlarının teşviki ile ve mukaddes kabri Müslümanlardan kurtarma iddiası ile yola çıkmışlardır. Ancak bu kampanyayı yürütenlerin ekonomik hedefleri ve sömürge arzuları dini iddiaların altında gizlenemeyecek kadar açıktır. Haçlı kuvvetleri, Müslüman devletçiklerin ve emirliklerinin kendi aralarındaki çatışmalarından kaynaklı yaşadıkları ciddi zayıflıktan faydalanarak Avrupalı prens ve şövalyelerin yönettiği ordudan çok sürü olarak tarif edilebilecek kitle ile İslam topraklarını işgal etmişlerdir.

Şam tarafından birçok şehrin düşmesi ve haçlı emirliklerinin kurulması sonrasında haçlılar o dönemde Fatımilerin kontrolü altında bulunan Beytülmakdis şehrine ulaştılar ve şehri kuşattılar. 40 gün süren kuşatma sonrasında 1099 yılında (hicri 497) şehre girmeyi başardılar. Bizzat haçlı tarihçilerinin rivayetlerine göre üç gün boyunca gerek şehrin yerli ahalisi gerekse korunmak için şehre sığınan herkesi kılıçtan geçirdiler. Cadde ve sokaklar cesetlerle doldu. Bazı kaynakların yaklaşık yetmiş bin kişi olarak belirttiği bu katliam sonrasında şehrin sokaklarında cesetlerden dolayı zor yürünür hale gelmişti.

Bu vahşetten maalesef Mescidin hürmetine öldürülmeyeceklerini umarak Mescid-i Aksa’ya sığınanlar da nasibini almış, binlerce masum insan Mescit’te katledilmişlerdir. Gerek Müslümanlara gerekse haçlılara ait birçok kaynak yaşanan bu katliamı ayrıntılarıyla aktarmıştır.

 İlk dönem haçlı savaşları ile ilgilenen modern tarih kitaplarında olay şöyle nakledilir:

 “Haçlılar Süleyman Mabedi’ne (Mescid-i Aksa’ya) varıncaya kadar herkesi öldürüp kılıçtan geçirdiler. Adamlarımızın ayaklarının topuklarına kadar kan içinde kaldığı büyük bir katliam yaşandı…”

Haçlı tarihçi Raymond De Gilles de “Beytülmakdis’i işgal eden Frenkler” isimli kitabında şu ifadeli kullanmaktadır: "...Beytülmakdis ahalisinin cadde ve sokaklarda maruz kaldığı iğrenç katliamlar, adet üzere dini ritüellerin gerçekleştirildiği Süleyman Mabedi’nde (Mescid-i Aksa’da) meydana gelenlere kıyaslandığında çok küçük kalmaktaydı. Peki orada ne yaşandı? Gerçeği size haber verdiğimde kabul etme kudretinizin ötesine geçecek… Bu nedenle bırakın en azından şu kadar söylemekle yetinelim. Adamlarımız [haçlılar] Süleyman Tapınağı’nda ve koridorlarında dizlerine ve atlarının dizginlerine ulaşana kadar kana battılar. Gerçekten de, bu yeri kâfirlerin [Müslümanlar] kanıyla doldurmak tanrının büyük ve harika bir hükmüydü. Çünkü Kudüs küfürlerinden çok acı çekmişti. Şehir cesetler ve kanla doluydu..."

Çağdaş haçlı tarihçilerinden Fuşya Al-Shartari ise, "Beytülmakdis seferi tarihi" adlı kitabında şöyle demektedir: “Bazıları Tanrı Tapınağına ve Süleyman Tapınağına kaçtılar. Mabedin meydanında ve etrafında büyük bir savaş yaşandı. Savaşçılarımızdan kaçma imkanları yoktu. Birçoğu Süleyman Mabedi’nin meydanına kaçtılar. Ölüp yere düşmeleri için üzerlerine ok yağmuru yapıldı. Mabette yaklaşık on bin kişi fiilen katledildi. Eğer orada olsaydın ayaklarımızın bileklerine kadar katledilenlerin kanlarına boyandığını görürdün, fakat bundan fazla daha ne aktarmam gerekir? İçlerinden kimse hayatta kalmadı. Kadınlar ve çocuklar bile kurtulamadılar.” Öte yandan Fuşya, Mescid-i Aksa’da bulunan çok miktarda altın gümüş ve değerli taşların haçlı komutanı "Tarkrad" tarafından yağmalandığını eklemektedir.

Müslüman tarihçi İbni Esir ise hicri 492 yılında, yaşanan olaylarla ilgili olarak şunları kaydetmektedir:

 “Frenkler, Mescid-i Aksa’da yetmiş binden fazla kişiyi katlettiler. İçlerinde Müslümanların imamları, alimleri, abitleri ve zahitleri bulunuyordu. Bazıları kendi yurtlarını terk ederek bu şerefli mevkie komşu olmuşlardı.” İbnü’l Esir, kitabının devamında Mescid-i Aksa’dan alınan kıymetli eşyaların detaylarını da vermektedir. Aktardığına göre Kubbetüssahra’dan her biri üç bin altı yüz dirhem ağırlığında olan kırk küsur kandil yağmalanmıştır. Bununla birlikte yüz elli kadar küçük kandil ve yirmi küsur altın kandil yağmalanmıştır. Sayılamayacak kadar çok malı ganimet olarak ele geçirdiler ifadesi ile sözlerini bitirmektedir.

Haçlılar Kudüs şehrinde canlı bıraktıklarını caddelerin ve Mescid-i Aksa meydanının cesetlerden temizlenmesi için kullandılar. Ardından Mescid-i Aksa’yı yeniden kullanmaya başladılar. Mescid-i Aksa’nın tabiatını ve sembollerini değiştirmeyi hedefleyen birtakım düzenlemelerle haçlı tapınağına çevirdiler.

1. Haçlı Kudüs kralı Baldwin (Kudüs şehri, işgalden sonra bir haçlı krallığı olmuştur.), Mescid-i Aksa’da Kıble Mescidi'nde kendisi için bir kraliyet konutu yaptı. 
2. Kral başka bir ikametgah edindiğinde burayı radikal hristiyanlıkları ile bilinen tapınak şövalyelerine verdi. Bunlarda caminin sembollerini değiştirdiler ve dekorasyonunu tahrip ettiler. Odalara ve salonlara bölüp, kilise konut depo ve idari karargâh gibi bölümlere ayırdılar. 
3. Kubbetüssahra’yı kiliseye çevirerek “Azizlerin Kudüs’ü Kilisesi” adını verdiler. İçerisindeki İslami sembolleri tahrip ettiler ya da Hristiyan simgelerle ve heykellerle değiştirdiler. Üzerine büyük bir altın haç taktılar.
4. Tapınak şövalyeleri, Mescid-i Aksa’nın güneydoğusundaki köşede bulunan Mervan Mescidi'ni atları için ahıra çevirdiler. Atlarını bağlamak için direklerini deldiler, bugün birçok yabancı kaynağın da isimlendirdiği gibi burayı Süleyman ahırları diye isimlendirdiler. 
5. Silsile kubbesi kiliseye çevrildi. 
6. Mescid-i Aksa meydanında bir kilise inşa etmeye başladılar, ancak tamamlayamadılar. 
7. Mescidin batı tarafında haçlı silahları ve ordu erzakı için bir depo yaptılar. 

Mescid-i Aksa tarihinin bu dönemi, rahiplerin Kubbetüssahra’da bulunan Beytülmakdis kayasının parçalarını kopararak hacılara ve ziyaretçilere ülkelerine götürüp bereketlenmeleri için altın ağırlığında satmalarına tanıklık etti. Sonunda kralları bu ticaretin devam etmesi halinde tamamen kaybolmasından korkarak, Kaya’nın korunması ve yerinde kalabilmesi için mermer ile kaplanmasını ve etrafının demir bariyer ile çevrilmesini emretti.

Acı veren bu hal, haçlıların Kudüs şehrini işgal altında tuttukları 88 yıl boyunca devam etti. İşgal altında geçirilen 88 yılın ardından Mescid-i Aksa, 1187 yılında (hicri 583) Sultan Selahaddin Eyyubi ve beraberindeki mücahitler tarafından fethedilince tekrar İslami kimliğine kavuştu.