Sultaniye medresesi olarak da bilinir ve Mescid-i Aksa’nın batı tarafında yer alır. Emir Hüseyin tarafından 1470 yılında inşa edilmiştir. Ancak Kudüs ziyareti sırasında Sultan Kayıtbay tarafından hoşuna gitmediği için yıkılarak 1480 yılında yeniden inşa edilmiştir. Bu medresenin yarısı Mescid-i Aksa’nın içinde yer alırken, diğer yarısı ise Aksa sınırlarının dışında kalmaktadır. İki kattan oluşan medresenin üst katının büyük bir bölümü yıkılmıştır. Kızıl ve beyaz renkli taşlarla süslü güzel bir girişi bulunmaktadır. Önceleri Hanbeli mescidi olarak kullanılan bir mescidi de vardır. İçerisinde iki adet kabir bulunmaktadır ki bunlardan birinin Şeyh Halil’e ait olduğu düşünülmektedir. Medresenin büyük bir bölümü bugün için El-Aksa Kız Şeriat lisesinin merkezi olarak kullanılmakta, diğer bölümü ise Mescid-i Aksa el yazmaları bölümünün merkezi olarak hizmet vermektedir. Küçük bir bölümü ikamet amaçlı olarak kullanılmaktadır.